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ROWSPAN-HTML TABLEバージョン
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<?php
// 元データ（CSV読み込みやDBから取得してもOK）
$data = [
    ['果樹類', '桃', '白桃', ''],
    ['果樹類', '桃', '桜桃', ''],
    ['果樹類', '柿', '', ''],
    ['野菜類', 'トマト', '大玉トマト', ''],
    ['野菜類', 'トマト', '中玉トマト', ''],
    ['野菜類', 'トマト', 'ミニトマト', '通常種'],
    ['野菜類', 'トマト', 'ミニトマト', '矮性種'],
    ['野菜類', 'レタス', '玉レタス', ''],
    ['野菜類', 'レタス', 'リーフレタス', 'サニーレタス'],
    ['野菜類', 'レタス', 'リーフレタス', 'サンチュ'],
];

// rowspanを計算する関数
function calculateRowspan($data, $colIndex) {
    $rowspanMap = [];
    $prev = null;
    $count = 0;
    for ($i = 0; $i < count($data); $i++) {
        $key = $data[$i][$colIndex];
        if ($key !== $prev) {
            if ($count > 0) {
                $rowspanMap[$startIndex] = $count;
            }
            $count = 1;
            $startIndex = $i;
            $prev = $key;
        } else {
            $count++;
        }
    }
    if ($count > 0) {
        $rowspanMap[$startIndex] = $count;
    }
    return $rowspanMap;
}

// 各列のrowspanを計算
$colCount = 4;
$rowspanData = [];
for ($col = 0; $col < $colCount; $col++) {
    $rowspanData[$col] = calculateRowspan($data, $col);
}
var_dump($rowspanData);

// HTMLテーブル出力
echo "<html lang='ja'><head><meta charset='UTF-8'></head><body>";
echo "<table border='1' cellpadding='5'>\n";
echo "<tr><th>分類1</th><th>分類2</th><th>分類3</th><th>分類4</th></tr>\n";

for ($i = 0; $i < count($data); $i++) {
    echo "<tr>";
    for ($col = 0; $col < $colCount; $col++) {
        $value = htmlspecialchars($data[$i][$col]);
        if (isset($rowspanData[$col][$i])) {
            $rowspan = $rowspanData[$col][$i];
            echo "<td rowspan=\"$rowspan\">$value</td>";
        } elseif (!array_key_exists($i, $rowspanData[$col])) {
            // skip cell (すでにrowspanで出力されたセルなので何もしない)
            continue;
        }
    }
    echo "</tr>\n";
}
echo "</table>";
echo "</body></html>";
?>
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罫線使用バージョン
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<?php
// 元データ（最大4要素、末尾に空文字があることもある）
$data = [
    ['果樹類', '桃', '白桃', ''],
    ['果樹類', '桃', '桜桃', ''],
    ['果樹類', '柿', '', ''],
    ['野菜類', 'トマト', '大玉トマト', ''],
    ['野菜類', 'トマト', '中玉トマト', ''],
    ['野菜類', 'トマト', 'ミニトマト', '通常種'],
    ['野菜類', 'トマト', 'ミニトマト', '矮性種'],
    ['野菜類', 'レタス', '玉レタス', ''],
    ['野菜類', 'レタス', 'リーフレタス', 'サニーレタス'],
    ['野菜類', 'レタス', 'リーフレタス', 'サンチュ'],
];

// 空白の末尾要素を削除するヘルパー関数
function trimTrailingEmptyValues(array $row): array {
    while (!empty($row) && trim(end($row)) === '') {
        array_pop($row);
    }
    return $row;
}

// ツリー構造を再帰的に構築
function insertNode(&$tree, $path) {
    if (empty($path)) return;
    $key = array_shift($path);
    if (!isset($tree[$key])) {
        $tree[$key] = [];
    }
    insertNode($tree[$key], $path);
}

// ツリー全体を構築
$tree = [];
foreach ($data as $row) {
    $cleaned = trimTrailingEmptyValues($row); // 空白末尾を削除
    if (!empty($cleaned)) {
        insertNode($tree, $cleaned);
    }
}

// ツリーをtreeコマンド風に表示
function printTree($tree, $prefix = '') {
    $keys = array_keys($tree);
    $count = count($keys);
    foreach ($keys as $i => $key) {
        $isLast = ($i === $count - 1);
        $branch = $isLast ? '└── ' : '├── ';
        echo $prefix . $branch . $key . PHP_EOL;
        $nextPrefix = $prefix . ($isLast ? '    ' : '│   ');
        printTree($tree[$key], $nextPrefix);
    }
}

// 実行
printTree($tree);
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